“`html
ProteinZen: Метод генерации структур белков с полными атомами с использованием машинного обучения
Генерация структур белков с полными атомами — это сложная задача в дизайне белков. Существующие модели значительно улучшились, но остаются трудности с точностью на атомном уровне. Даже небольшие ошибки могут повлиять на практическое применение функциональных белков, таких как ферменты.
Проблемы существующих моделей
Текущие модели, такие как RFDiffusion и Chroma, фокусируются на конфигурациях скелета, но имеют ограниченное атомное разрешение. Модели, такие как RFDiffusion-AA и LigandMPNN, пытаются учитывать атомные сложности, но не могут полностью представить конфигурации с полными атомами. Методы, основанные на суперпозиции, страдают от высоких вычислительных затрат и трудностей в обработке взаимодействий.
Решение: ProteinZen
Исследователи из UC Berkeley и UCSF представили ProteinZen — двухступенчатую генеративную модель, которая сочетает в себе соответствие потока для скелета и моделирование латентного пространства для достижения точной генерации белков с полными атомами. В первой фазе ProteinZen создает каркас белка, избегая прямого взаимодействия между позиционированием атомов и идентичностями аминокислот.
Во второй фазе гибридный VAE с MLM интерпретирует латентные представления в атомные структуры, предсказывая углы торсии боковых цепей и идентичности последовательностей. Это обеспечивает высокую точность и согласованность с атомными свойствами.
Преимущества ProteinZen
- Достижение согласованности последовательности и структуры на уровне 46%.
- Высокая структурная и последовательная разнообразие.
- Эффективность вычислений и точность без потери разнообразия.
ProteinZen показывает хорошие результаты на коротких последовательностях белков и демонстрирует потенциал для дальнейшего развития. Синтезированные образцы имеют разнообразные вторичные структуры и соответствуют известным пространствам сворачивания.
Заключение
ProteinZen представляет собой инновационный метод генерации белков с полными атомами, достигая высокой точности и эффективности. Это значительный шаг вперед в дизайне белков.
Если вы хотите, чтобы ваша компания развивалась с помощью ИИ, используйте ProteinZen. Анализируйте, как ИИ может изменить вашу работу и определите ключевые показатели эффективности (KPI).
Подбирайте подходящие решения ИИ и внедряйте их постепенно. Начните с небольших проектов и расширяйте автоматизацию на основе полученных данных.
Если вам нужны советы по внедрению ИИ, пишите нам в Телеграм. Следите за новостями о ИИ в нашем канале.
Попробуйте AI Sales Bot — этот ИИ-ассистент в продажах помогает отвечать на вопросы клиентов и снижает нагрузку на первую линию.
Узнайте, как ИИ может изменить ваши процессы с решениями от AI Lab. Будущее уже здесь!
“`
